Tern System var stofnað haustið 1997 af Kerfisverkfræðistofu Háskóla Íslands og Flugmálastjórn Íslands og byggðist reksturinn á tveggja áratuga samstarfsvinnu þessara aðila við þróun, rannsóknir og hvers konar þekkingaröflun á sviði flugstjórnar- og flugleiðsögutækni.
Upphaflegur tilgangur stofnun Flugkerfa var að taka við þróunarstarfsemi sem vaxið hafði upp á sviði flugstjórnartækni. Í ársbyrjun 2007 þegar ábyrgð á rekstri flugvalla-, flugleiðsögu- og flugumferðarþjónustu færðist í hendur Flugstoða færðist eignarhlutur Flugmálastjórnar yfir til Flugstoða og er Háskóli Íslands áfram hluthafi. 1. maí 2010 færðist svo hlutur Flugstoða til Isavia.
Tern Systems sérhæfir sig í kerfislausnum sem lúta að flugumferðarstjórn. Markmið fyrirtækisins hefur frá upphafi verið að efla rannsóknir, þróun og þekkingaröflun á sviði flugsamgöngutækni.
Tern Systems, Flugstoðir og Háskóli Íslands hafa alla tíð starfað saman að ýmsum þróunarverkefnum fyrir flugmálayfirvöld og hafa veitt sérfræðiþjónustu sem snýr að þessum málaflokkum. Þessi samvinna hefur leitt af sér samstarfsverkefni víða um heim. Þar má nefna rannsóknarsamstarf með ýmsum fyrirtækjum og stofnunum innan Evrópu, sem fjármögnuð hafa verið af Evrópuráðinu.
Tern Systems hefur unnið að þróun kerfislausna fyrir flugstjórn. Um er að ræða lausnir sem notaðar eru í rekstri flugstjórnarmiðstöðva, flugturna og við þjálfun flugumferðarstjóra. Kerfi frá Tern Systems eru meðal annars notuð á Íslandi, Írlandi, Suður-Kóreu, Sýrlandi, Namibíu og Indónesíu.